p Um western blot permite que os cientistas detectem proteínas específicas em amostras de tecido. Crédito:www.shutterstock.com
p A repórter científica Maryanne Demasi foi inocentada no mês passado de acusações de má conduta de pesquisa em relação ao seu doutorado na Universidade de Adelaide. tese publicada em 2004. p As alegações foram investigadas por um painel independente convocado pelo Escritório de Ética em Pesquisa da Universidade de Adelaide, Conformidade e integridade. Era formado por um ex-juiz da Suprema Corte da Austrália do Sul e três professores de ciências médicas não vinculados à Universidade de Adelaide.
p Houve 17 denúncias sobre imagens na tese de Demasi. A questão perante o painel era se as imagens “haviam sido duplicadas e / ou manipuladas de uma forma que se desviava dos padrões aplicáveis na época relevante”.
p Todas as imagens contestadas retratam os resultados de experimentos para detectar proteínas ou moléculas de RNA. As técnicas para fazer isso são conhecidas como "Western blot" e "Northern blot", respectivamente.
p Em 14 casos, o painel constatou que não havia duplicação de imagens. Nos três casos restantes, Demasi "admitiu que tinha duplicado ou provavelmente duplicado as imagens contestadas relevantes" - mas o painel "não pôde ficar satisfeito que a duplicação constituísse um desvio dos padrões aplicáveis no momento relevante".
p Não está claro se as imagens borradas são o foco do
Journal of Biological Chemistry manifestação de preocupação em 2017 em relação a um dos artigos científicos de Demasi publicado em 2003.
p Demasi nega firmemente qualquer má conduta de pesquisa tanto em sua tese quanto em seus artigos de pesquisa. Mas o que são manchas oeste e norte? E por que atraem tanto escrutínio?
p Um bom western blot mostrará toda a membrana, de 250 kilodaltons a 10 kilodaltons, e estar limpo, exceto para a proteína de interesse. Cada banda representa uma amostra diferente, portanto, deve ser visualmente diferente. Crédito:Western blot do próprio autor
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Detectando proteínas
p Westerns blots detectam proteínas, e são uma técnica científica sensível e comumente usada. A imagem que eles produzem pode parecer uma mancha indefinida, mas os western blots são, na verdade, uma maneira muito útil de localizar uma proteína específica em uma mistura complexa de materiais biológicos, como sangue ou tecido.
p Western blots são usados no diagnóstico da doença de Lyme, por exemplo. Isso ocorre porque a infecção com a bactéria que causa Lyme (
Borrelia burgdorferi ) deixa uma impressão digital única de proteínas no sangue de um paciente.
p Os Western blots também permitem aos pesquisadores determinar as mudanças nas proteínas em resposta a um regime de drogas. No meu próprio laboratório, Eu rotineiramente executo western blots para medir mudanças nos perfis de proteínas em resposta a um suplemento dietético que estamos testando para o tratamento de doenças do neurônio motor.
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Ocidental, sulista, norte
p Os Western blots têm o nome da localização do laboratório americano onde foram realizados pela primeira vez. A escolha do termo "ocidental" é aparentemente uma homenagem ao anteriormente denominado Southern (em homenagem a Ed Southern) e Northern blots, para detectar DNA e RNA, respectivamente.
p Uma mistura de proteínas é primeiro separada por seu peso molecular, com os pequenos movendo-se mais rápido e alcançando o fundo do gel mais cedo, para criar uma aparência semelhante a uma escada. Uma coloração de proteína nos permite visualizar as proteínas, onde cada banda representa uma população diferente de proteínas. Crédito:mancha de proteína do próprio autor
p Para executar um western blot, uma mistura de proteínas é carregada em um gel feito de poliacrilamida que permite a separação das proteínas de acordo com seus pesos moleculares. O peso molecular é medido em quilodaltons, ou kDa (o dalton ou unidade de massa atômica é definida como 1/12 do peso do isótopo carbono-12, ou aproximadamente um átomo de hidrogênio).
p Quando uma corrente elétrica é aplicada, pequenas proteínas se movem com relativa rapidez através do gel, e os maiores, mais lentamente - o resultado é uma distribuição das proteínas em forma de escada.
p Depois disto, a escada de proteína é imersa em uma solução de anticorpo e incubada. Quando o excesso de anticorpo é lavado, você fica com uma "faixa" onde seu anticorpo se ligou à proteína de interesse.
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O que procurar
p Como um western blot é projetado para detectar uma proteína por vez, a imagem deve estar em branco, exceto para sua faixa de interesse.
p Abaixo está um borrão ocidental ruim que preparei anteriormente. Por enquanto, você deve ser capaz de identificar o que há de errado com este - ele tem várias bandas, o que significa que o anticorpo não é específico. E embora seja tentador cortar faixas extras e artefatos estranhos, Eu realmente deveria voltar ao laboratório para otimizar isso.
p Mais importante, cada amostra executada em um western blot é única, portanto, cada banda de amostra também deve ser diferente.
p Um western blot ruim tem várias bandas em vez de uma, o que significa que o anticorpo reconheceu várias proteínas e, portanto, não é específico. Não é incomum para os cientistas cortar essas imagens bem para remover artefatos ofensivos. Como resultado, alguns periódicos agora solicitam que os autores enviem o texto completo, imagem não cortada, para revisão. Crédito:mau faroeste do próprio autor
p Um borrão do norte é um conceito semelhante ao do borrão ocidental, mas comumente usa sondas para detectar RNA em vez de algumas para detectar proteínas. Na técnica de Southern blot, DNA é detectado.
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Aumento do escrutínio
p Desde o advento de sites como o PubPeer, Western blots estão sendo cada vez mais examinados. O blog independente Retraction Watch cita dezenas de artigos que foram supostamente retirados para manipulação do western blot.
p Western blots podem ser manipulados de várias maneiras - duplicando bandas de proteínas, ou por inversão vertical ou horizontal para fazer as bandas reutilizadas parecerem únicas. A duplicação normalmente é feita com a ajuda de um software de manipulação de imagens, onde é mais fácil esconder.
p A manipulação pode ser detectada procurando artefatos, como emendas óbvias, formas de banda semelhantes, ou manchas e arranhões que passam para as faixas duplicadas.
p Mas manipular imagens não ajuda ninguém. Os cientistas estão sob intensa pressão para publicar ou morrer, onde as publicações científicas estão cada vez mais sendo tratadas como moeda a ser negociada para promoções ou estabilidade.
p Manipular imagens só contribui para a desconfiança da ciência, em um momento em que cada vez mais precisamos defendê-lo. p Este artigo foi publicado originalmente em The Conversation. Leia o artigo original.