A classificação bacteriana é notoriamente difícil por vários motivos:

1. Falta de diversidade morfológica: Ao contrário de muitos outros organismos, as bactérias exibem variação morfológica relativamente limitada. Muitas espécies compartilham formas semelhantes (cocci, bacilos, spirilla), tornando a identificação visual não confiável.

2. Transferência de genes horizontais: As bactérias trocam prontamente material genético por mecanismos como conjugação, transformação e transdução. Esta transferência horizontal de genes torna o rastreamento de relações evolutivas complexas, pois os genes podem ser transferidos entre espécies não relacionadas.

3. Altos níveis de diversidade genética: As bactérias têm genomas notavelmente diversos. Mesmo espécies intimamente relacionadas podem ter diferenças genéticas significativas, obscurecendo as linhas de classificação.

4. Difícil de cultura: Muitas espécies bacterianas são difíceis ou impossíveis de cultivar em laboratório. Isso torna desafiador estudar suas características e relacionamentos.

5. Evolução rápida: As bactérias evoluem rapidamente, especialmente sob pressão seletiva. Essa rápida evolução pode levar ao surgimento de novas espécies ou à diversificação dos existentes, complicando os esforços de classificação.

6. Falta de registro fóssil: As bactérias são microscópicas e carecem de partes difíceis, dificultando a obtenção de um registro fóssil significativo. Isso limita nossa compreensão de sua história evolutiva.

7. Confiança em técnicas moleculares: A classificação bacteriana moderna depende fortemente de técnicas moleculares, como sequenciamento de DNA e análise de RNA ribossômico. Isso pode ser caro e demorado, dificultando o uso generalizado.

8. Mudança de sistemas de classificação: À medida que nossa compreensão das bactérias melhora, os sistemas de classificação estão em constante evolução. Isso pode levar a confusão e inconsistências na nomeação e organização das bactérias.

9. Considerações ecológicas: Muitas espécies bacterianas são altamente especializadas em seus ambientes. Isso dificulta classificá -los com base nos métodos laboratoriais tradicionais e requer consideração de fatores ecológicos.

10. A "matéria escura" das bactérias: A grande maioria das bactérias não pode ser cultivada em laboratório. Isso significa que sabemos muito pouco sobre sua diversidade e relacionamentos, deixando uma parcela significativa do mundo bacteriano não classificado.

Esses desafios destacam a complexidade da classificação bacteriana e destacam a necessidade de pesquisa e desenvolvimento contínuos de novas técnicas e abordagens.