p Os biólogos computacionais da Carnegie Mellon University desenvolveram um método computacional mais preciso para reconstruir as sequências de nucleotídeos de comprimento total dos produtos de RNA nas células, chamadas transcrições, que transformam informações de um gene em proteínas ou outros produtos gênicos. p Seu software, chamado Scallop, vai ajudar os cientistas a construir uma biblioteca mais completa de transcrições de RNA e, assim, ajudar os cientistas a entender melhor a regulação da expressão gênica.

p Um relatório sobre Scallop por Carl Kingsford, professor associado de biologia computacional, e Mingfu Shao, Lane Fellow no Departamento de Biologia Computacional da Escola de Ciência da Computação, está sendo publicado online hoje pela revista Nature Biotechnology .

p Scallop é um chamado assembler de transcrição, pegando fragmentos de sequências de RNA, chamadas leituras, que são produzidos por tecnologias de sequenciamento de RNA de alto rendimento (RNA-seq), e colocá-los juntos novamente, como peças de um quebra-cabeça, para reconstruir transcrições completas de RNA.

p "Existem muitos montadores existentes, "Shao disse, "mas esses métodos existentes ainda não são precisos o suficiente."

p Quando comparado a duas montadoras líderes, StringTie e TransComb, Scallop é 34,5 por cento e 36,3 por cento mais preciso para transcritos que consistem em múltiplos exons - subunidades de um gene que codifica parte do produto do gene.

p Como outros montadores baseados em referência, Scallop começa construindo um gráfico para organizar leituras que são mapeadas para os locais correspondentes no DNA do gene. Existem muitos caminhos alternativos para conectar as leituras, Contudo, portanto, os erros são facilmente cometidos. O Scallop melhora suas chances usando um novo algoritmo para aproveitar ao máximo as informações das leituras que abrangem vários exons para guiá-lo para os caminhos de montagem corretos.

p O Scallop se mostra particularmente apto ao montar transcritos de RNA menos abundantes, melhorando a precisão do StringTie e TransComb em 67,5% e 52,3%.

p Os pesquisadores já lançaram o Scallop como um software aberto no repositório GitHub.

p "Já tivemos mais de 100 downloads e, com base no feedback que recebemos, as pessoas estão realmente usando, Shao disse. "Esperamos mais usuários agora que nosso jornal acabou."