A principal diferença entre tRNA e mRNA é a presença de um anticódon no tRNA. O anticódon é uma sequência de três nucleotídeos no tRNA, que é complementar a um códon específico, que é uma sequência de três nucleotídeos no mRNA. O anticódon no tRNA é responsável por reconhecer e ligar-se ao códon complementar do mRNA durante a síntese protéica. O tRNA traz o aminoácido correto para o complexo de mRNA, reconhecendo os três nucleotídeos e ligando o aminoácido correspondente à posição correta na proteína.