Eletroforese em gel continua sendo uma técnica fundamental na biologia molecular, permitindo aos pesquisadores separar fragmentos de DNA por tamanho e cobrar por aplicações como impressão digital de DNA, mapeamento de restrições e sequenciamento.

Como o próprio DNA é incolor, os cientistas adicionam corantes de rastreamento – pigmentos azuis ou laranja – à amostra. Esses corantes migram junto com o DNA, fornecendo uma referência visual que permite ao usuário avaliar o progresso e garantir a identificação precisa da banda.

Como funciona a eletroforese em gel

Neste método, uma placa de gel de agarose —um polissacarídeo derivado de algas marinhas—é preparado misturando pó de agarose com um tampão contendo água e sal. A mistura é aquecida até que a agarose se dissolva e depois é resfriada para formar uma matriz porosa. O gel é colocado em uma câmara de eletroforese e coberto com tampão condutor.

Amostras de DNA, combinadas com um corante de carga, são carregadas em poços na extremidade negativa (-) do gel. Um eletrodo positivo (+) é posicionado no lado oposto. A estrutura de fosfato carregada negativamente do DNA conduz os fragmentos em direção ao eletrodo positivo quando o campo elétrico é aplicado.

Fragmentos menores encontram menos resistência e viajam mais rápido, produzindo bandas distintas que correspondem ao tamanho do fragmento.

Objetivo e importância do carregamento do corante

Os corantes de carregamento têm duas funções principais:aumentam a densidade da amostra para que ela afunde no poço e fornecem uma pista visual que rastreia a migração do DNA. Os corantes comuns incluem azul de bromofenol (ideal para fragmentos em torno de 400 pb) e xileno cianol (mais adequado para fragmentos de 2–8kbp). O corante é escolhido de forma que não reaja nem altere o DNA. Os pesquisadores normalmente usam 5 µL de corante de carga por 1 µL de amostra de DNA, seguindo as diretrizes do NEB e Thermo Fisher.

Papel do glicerol na eletroforese em gel de agarose

Glicerol é adicionado à amostra para aumentar sua densidade. Sem glicerol, a amostra líquida se espalharia pela superfície do gel em vez de se depositar perfeitamente no poço, comprometendo a formação de bandas claras e distintas.

Corante de rastreamento em SDS‑PAGE

Para a separação de proteínas, a eletroforese em gel de dodecilsulfato de sódio-poliacrilamida (SDS-PAGE) substitui a agarose. O azul de bromofenol é rotineiramente incorporado ao tampão da amostra; ele viaja no mesmo ritmo que a ponta das bandas de proteína, oferecendo um indicador visual de progresso em tempo real.

Papel do corante de ligação ao DNA

Após a eletroforese, corantes de ligação ao DNA, como o brometo de etídio são aplicados. O brometo de etídio intercala-se entre as bases do DNA e apresenta fluorescência intensa sob luz ultravioleta, tornando as bandas visíveis. Por ser mutagênico, são necessárias precauções rigorosas de segurança ao manusear e descartar o corante.