As enzimas de restrição são realmente capazes de cortar seu próprio DNA, mas evoluíram uma maneira inteligente de evitar a autodestruição. Aqui está como:

* Modificação de sites de reconhecimento: As enzimas de restrição geralmente reconhecem sequências específicas de DNA denominadas locais de reconhecimento. Esses sites geralmente têm 4-8 pares de bases de comprimento. Para evitar o DNA bacteriano (onde as enzimas de restrição se originam) possui um mecanismo de defesa integrado. Essas seqüências de DNA são quimicamente modificadas (geralmente por metilação) por outras enzimas. Essa modificação "oculta" o local de reconhecimento da enzima de restrição, impedindo que ela se liga e corte.
* metilação: A metilação é o processo de adição de um grupo metil (CH3) a uma base na sequência de DNA. Essa modificação altera a forma do DNA e a torna irreconhecível para a enzima de restrição.
* Especificidade e proteção: Cada enzima de restrição possui uma sequência de reconhecimento específica e seu sistema de modificação é adaptado para corresponder. Isso garante que a enzima corta o DNA estrangeiro (que geralmente é não metilado) enquanto deixa intacta seu próprio DNA.

em resumo: Não é que as enzimas de restrição não possam cortar seu próprio DNA, é que suas células hospedeiras tenham evoluído mecanismos (principalmente metilação) para proteger seu próprio DNA das enzimas que produzem. Isso garante que a enzima de restrição possa efetivamente se defender contra vírus invasores ou outro DNA estrangeiro, sem prejudicar o material genético do próprio hospedeiro.