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bancos de dados secundários em bioinformática . Essas são ferramentas poderosas que desempenham um papel crucial na análise de dados biológicos. Aqui está um colapso:
O que são bancos de dados secundários? Os bancos de dados secundários são coleções de informações pré-computadas derivadas de fontes de dados biológicos primários. Eles foram projetados para fornecer informações e facilitar análises que seriam difíceis ou demoradas para obter diretamente dos dados brutos.
Características -chave: *
derivado dos dados primários: Eles são construídos processando e integrando dados de bancos de dados primários (por exemplo, bancos de dados de sequência como o GenBank).
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organizado e estruturado: As informações são organizadas em categorias e formatos específicos, facilitando a pesquisa e a análise.
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Informações de valor agregado: Eles oferecem anotações, previsões e interpretações com base nos dados principais, fornecendo informações mais profundas.
Exemplos de bancos de dados secundários: Aqui está uma seleção de bancos de dados secundários, categorizados por seu foco:
* Análise e anotação de sequência
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uniprot: Sequência de proteínas e informações funcionais.
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Interpro: Famílias de proteínas, domínios e locais funcionais.
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Go (Gene Ontology): Classificação hierárquica da função genética.
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KEGG: Caminhos metabólicos e funções genéticas.
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Pfam: Famílias de proteínas.
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Expressão do genoma e gene: *
Ensembl: Conjuntos de genoma, anotações de genes e dados de expressão gênica.
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navegador do genoma UCSC: Visualização e exploração de dados genômicos.
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geo (expressão de gene omnibus): Repositório de dados de sequenciamento de microarray e RNA.
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ArrayExpress: Repositório de dados de microarray.
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interações e redes proteínas-proteínas: *
String: Interações e redes de proteínas-proteínas.
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biogrid: Interações proteína-proteína e interações genéticas.
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Descoberta de medicamentos e identificação do alvo: *
DrugBank: Banco de dados abrangente de informações sobre medicamentos.
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chembl: Moléculas semelhantes a drogas e suas atividades biológicas.
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pubchem: Estruturas químicas e atividades biológicas.
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genômica e evolução comparativa: *
navegador de taxonomia NCBI: Classificação hierárquica de organismos.
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filotree: Árvores filogenéticas de organismos.
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árvores: Repositório de árvores filogenéticas.
Benefícios dos bancos de dados secundários: *
economia de tempo: Eles fornecem informações pré-processadas e organizadas, economizando tempo e esforço aos pesquisadores.
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Análise aprimorada: Anotações, previsões e relacionamentos facilitam análises e entendimento mais profundos.
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Integração de dados diversos: Os bancos de dados secundários geralmente integram informações de várias fontes, fornecendo uma visão abrangente.
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Formatos padronizados: Os dados geralmente são apresentados em formatos padronizados, promovendo consistência e compatibilidade.
Escolhendo o banco de dados certo: A escolha do banco de dados secundário depende da sua pergunta de pesquisa e tipo de dados específicos. Considere o seguinte:
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Tipo de dados: Sequências de proteínas, dados genômicos, expressão gênica, etc.
* Escopo: Organismos, vias, doenças ou domínios biológicos mais amplos.
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Informações necessárias: Anotações, previsões, interações, etc.
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Qualidade e confiabilidade dos dados: Verifique se o banco de dados está bem mantido e fornece informações precisas.
em resumo: Os bancos de dados secundários são essenciais para a pesquisa de bioinformática. Eles fornecem informações, anotações e insights valiosos pré-computados, facilitando a análise e compreensão eficientes de dados. Escolha o banco de dados certo com base em suas necessidades de pesquisa e aproveite seu potencial para descobertas significativas.
