Os quatro principais filos de fungos são:

1. ascomycota: Este é o maior filo de fungos, contendo mais de 64.000 espécies. Os ascomicetos são caracterizados por sua produção de esporos em estruturas semelhantes a saco chamadas ASCI. Exemplos incluem leveduras, trufas e morels.
2. basidiomycota: Este filo contém cerca de 30.000 espécies, incluindo cogumelos, saques, bolas de fungos e fungos de prateleira. Os basidiomicetos são distinguidos por suas estruturas reprodutivas em forma de clube, chamadas Basídios.
3. zygomycota: Este filo contém cerca de 1.000 espécies, incluindo moldes de pão e alguns fungos do solo. Os zigomicetos se reproduzem sexualmente, formando um ziospore de parede grossa.
4. glomeromycota: Esse filo contém apenas cerca de 200 espécies, mas são incrivelmente importantes para suas relações simbióticas com as plantas. Os glomeromicetos formam micorrizas arbusculares, que ajudam as plantas a absorver nutrientes do solo.

Embora estes sejam os quatro principais filos, é importante observar que a taxonomia fúngica ainda está evoluindo. Alguns cientistas sugerem um quinto filo principal, chytridiomycota , que inclui principalmente fungos aquáticos.