Existem quatro major fila de protozoários, não apenas quatro. Aqui estão eles:

* sarcomastigophora: Esse filo inclui amebas, que se movem usando pseudopodia e flagelados, que usam flagelos para movimento.
* filo apicomplexa: Estes são protozoários parasitários com um ciclo de vida complexo, geralmente envolvendo vários hospedeiros. Exemplos incluem Plasmodium, o agente causador da malária.
* ciliophora de filo: Esses protozoários usam cílios para movimento e alimentação. Eles têm estruturas complexas e podem ser encontradas em uma variedade de ambientes aquáticos.
* Phylum Microspora: Esse filo compreende parasitas intracelulares obrigatórios que podem infectar uma ampla gama de hospedeiros, incluindo seres humanos.

Embora estes sejam os principais filos, também existem outros filos que são menos estudados ou aceitos, como phylum myxozoa e filo ascetospora .

É importante lembrar que a classificação dos protozoários está em constante evolução, e novas informações podem levar a mudanças no sistema estabelecido.