Os plasmídeos autotransmissíveis possuem os genes necessários para mediar a sua transferência de uma célula bacteriana para outra sem necessitar de qualquer elemento genético móvel adicional. Normalmente, esses plasmídeos codificam um sistema de secreção tipo IV completo (T4SS), os componentes necessários para sintetizar um pilus e as proteínas necessárias para processar e transferir o DNA plasmídico do doador para a célula receptora. O plasmídeo F de Escherichia coli é um exemplo típico de plasmídeo autotransmissível e contém um conjunto de genes necessários para sua própria transmissão, conhecidos como genes tra (genes de transferência). Esses genes codificam proteínas que estão envolvidas na formação de pili conjugativos, no reconhecimento das células receptoras, na transferência do DNA plasmídico e na regulação do processo de acasalamento.