Pesquisadores da Universidade da Califórnia, em San Diego, desenvolveram um portal online chamado ORION (Oligo-Ribo targetINg) que permite aos usuários explorar como os vieses nas sequências de RNA afetam a expressão genética. A ferramenta poderá ajudar os cientistas a compreender melhor como vários factores, tais como mutações ou mudanças nas condições ambientais, podem alterar a expressão genética e contribuir para doenças.

O sequenciamento de RNA é uma técnica amplamente utilizada em biologia molecular que permite aos pesquisadores traçar o perfil dos níveis de expressão de genes em uma amostra biológica. No entanto, a interpretação precisa dos dados de RNA-seq pode ser um desafio devido a vários vieses que podem surgir durante o processo.

Esses vieses podem decorrer das características inerentes às moléculas de RNA, como sua composição sequencial e modificações químicas, bem como de fatores técnicos relacionados às metodologias de preparação e sequenciamento da biblioteca. Como resultado, certas sequências de RNA podem ser preferencialmente amplificadas ou suprimidas durante o processo de RNA-seq, levando a medições imprecisas da expressão gênica.

Para resolver esse problema, pesquisadores da UC San Diego desenvolveram o ORION, uma plataforma online que integra dados de múltiplas fontes para fornecer uma compreensão abrangente dos vieses da sequência de RNA. A ferramenta permite aos usuários explorar os efeitos potenciais desses vieses nos padrões de expressão gênica e identificar regiões da sequência de RNA que são particularmente suscetíveis a esses vieses.

Os pesquisadores demonstraram a utilidade do ORION analisando dados de RNA-seq de células saudáveis ​​e cancerosas. Eles descobriram que o ORION poderia identificar com eficácia regiões da sequência de RNA que foram tendenciosas devido a mutações ou mudanças nas condições ambientais, permitindo assim uma interpretação mais precisa dos dados de RNA-seq.

Além disso, o ORION pode ajudar os pesquisadores a otimizar seu projeto experimental de RNA-seq, sugerindo regiões de sequência de RNA que são menos propensas a serem afetadas por vieses, levando a medições de expressão gênica mais confiáveis ​​e reprodutíveis.

No geral, o portal ORION fornece um recurso valioso para pesquisadores que estudam a expressão genética usando RNA-seq. A ferramenta contribui para avançar nossa compreensão do impacto dos vieses da sequência de RNA e permite uma análise mais precisa e confiável dos dados de RNA-seq.