O fato de o DNA humano moderno conter pedaços de todo o genoma do Neandertal, exceto o cromossomo Y, deve-se a uma combinação de fatores genéticos e evolutivos. Aqui está uma explicação:

1. Diferenças genéticas :O cromossomo Y é exclusivo dos homens e contém genes que são os principais responsáveis ​​pela determinação e desenvolvimento do sexo masculino. O cromossomo Y do Neandertal carrega um conjunto de genes diferentes daqueles encontrados nos humanos modernos.

2. cruzamento e sucesso reprodutivo :Quando os humanos modernos (Homo sapiens) e os Neandertais (Homo neanderthalensis) cruzaram, eram principalmente Neandertais machos acasalando com Homo sapiens fêmeas. Isso resultou em descendentes com DNA mitocondrial de Neandertal (herdado da mãe) e uma combinação de DNA nuclear de Neandertal e Homo sapiens.

3. Incompatibilidade Genética :Parece que o cromossomo Y do Neandertal enfrentou desafios para se reproduzir com sucesso com fêmeas do Homo sapiens. O cromossomo Y do Neandertal pode ter carregado variantes genéticas incompatíveis com os processos reprodutivos humanos. Esta incompatibilidade poderia ter resultado na redução da fertilidade ou em menores chances de gestações bem-sucedidas, levando a uma menor prevalência de cromossomos Y de Neandertal nas populações humanas modernas.

4. Seleção Natural e Adaptações :Ao longo de milhares de anos, a seleção natural favoreceu a sobrevivência e a reprodução de indivíduos com características genéticas mais adequadas às condições ambientais específicas e aos desafios enfrentados pelos humanos modernos. Este processo teria favorecido a preservação das linhagens do cromossomo Y humano que foram mais bem-sucedidas em termos de aptidão reprodutiva e sobrevivência.

Como resultado desses fatores, o cromossomo Y do Neandertal tornou-se cada vez mais raro e acabou sendo retirado do pool genético humano moderno. Consequentemente, o DNA humano moderno não contém vestígios significativos de ascendência neandertal no cromossomo Y.