Metadados padronizados para amostras biológicas podem desbloquear o potencial das coleções
Garganta Azul (Luscinia svecica). Crédito:Vojtěch Brlík Vojtěch Brlík, do Departamento de Ecologia, Faculdade de Ciências, Universidade Charles e Instituto de Biologia de Vertebrados, Academia Checa de Ciências, apela aos cientistas para partilharem informações básicas sobre amostras biológicas (metadados) para garantir a sua reaproveitamento eficaz em disciplinas biológicas.
O apelo à comunidade científica, publicado na revista Nature , baseia-se na experiência adquirida com a coordenação do repositório de metadados da Rede AviSample, que atualmente contém metadados de mais de 35.000 amostras de quase 500 espécies de aves.
A comunidade científica tem vindo a optimizar sistematicamente as actividades de investigação, existindo uma série de iniciativas que prosseguem activamente este objectivo. O projeto liderado por Brlík leva ainda mais longe estes esforços:"A nossa iniciativa demonstra que a disponibilidade e rastreabilidade de informações básicas sobre amostras (os chamados metadados) tem o potencial de tornar a investigação científica mais eficiente, poupar recursos financeiros e humanos e diversificar as equipas de investigação em nível global."
E acrescenta:“Esta iniciativa não se preocupa com o armazenamento das amostras físicas ou dos dados. Estamos interessados apenas em informações básicas sobre amostras biológicas, simplesmente, quando, onde e como as amostras foram coletadas e como são preservadas. esses metadados são baratos, aplicáveis em nível global e facilitam o uso de amostras já coletadas, o que beneficia tanto os proprietários das amostras quanto os pesquisadores que as utilizarão."
O princípio de compartilhar metadados de amostras e reaproveitar amostras existentes é benéfico de várias maneiras. Relatórios centralizados e padronizados de metadados de amostras facilitam a visualização de quais amostras estão atualmente disponíveis, sem exigir comunicação com colegas ou coleta dispendiosa de novas amostras.
A partilha de metadados poderia, portanto, agilizar as atividades científicas, especialmente em áreas menos exploradas e de difícil acesso, ao mesmo tempo que reforçaria as principais colaborações com cientistas locais. Da mesma forma, relatar metadados de amostras ajudaria os cientistas cuja investigação se concentra em espécies ameaçadas ou em grandes escalas espaciais.
“A ideia inicial desta iniciativa foi concebida durante meus estudos de doutorado, quando procurava amostras de penas originárias de uma grande área da África Subsaariana. Eu tinha amostras do nosso grupo de pesquisa, mas precisava expandir o conjunto de dados consideravelmente.
"Escrevemos a colegas na Suécia e na Suíça que suspeitávamos que tinham amostras semelhantes de outros locais de África. E, felizmente, descobrimos que de facto as tinham. Embora tenham recolhido as amostras principalmente para um propósito completamente diferente, conseguimos cobrir uma grande parte da região da África Subsaariana através deste esforço conjunto, o que não teria sido possível sem a cooperação com colegas", diz Brlík, descrevendo as origens do projeto atual.
Foto ilustrativa de amostras ornitológicas. Crédito:Petr Procházka
Em 2022, Brlík e uma equipe de colegas (em particular Pavel Pipek do Departamento de Ecologia da Faculdade de Ciências da Universidade Charles e Petr Procházka do Instituto de Biologia de Vertebrados do CAS) criaram o repositório de metadados da Rede AviSample. Nesta base de dados, os ornitólogos podem agora inserir metadados de amostras de aves, ou seja, onde, quando e como a amostra foi recolhida, de que espécies de aves e como essas amostras são armazenadas.
A base de dados inclui atualmente informações sobre cerca de 500 espécies de aves e estão disponíveis metadados para mais de 35.000 amostras. O repositório conta com vários embaixadores que estão envolvidos na divulgação da iniciativa em suas regiões.
“Um dos exemplos de reaproveitamento de amostras existentes possibilitado pelo compartilhamento de metadados é o projeto B10K. Este projeto visa pesquisar os genomas de todas as 10.000 espécies de aves, que os coordenadores do projeto estão coletando principalmente em museus.
"No entanto, para espécies raras e espécies que ocorrem em áreas pouco estudadas (por exemplo, trópicos) não é fácil obter amostras. A partilha de metadados de amostras armazenadas em colecções de investigadores tornou possível a utilização de amostras existentes recolhidas em África e na Europa, para este grande projeto em grande escala", descreve Brlík.
Numa correspondência publicada no seu artigo, Brlík mostra, usando a Rede AviSample como exemplo, que a partilha de metadados facilita a reorientação de amostras existentes armazenadas em coleções de investigadores e tem, portanto, um enorme potencial.
“Pretendo levar esta iniciativa e mudar a percepção a um nível global e mostrar que a partilha de metadados de amostras tem o potencial de aumentar a eficiência das actividades científicas em todas as disciplinas biológicas”, conclui Brlík.
