Os nematóides do solo representam um componente importante das comunidades do solo em ecossistemas terrestres e desempenham um papel importante na regulação da ciclagem de nutrientes e na saúde do solo. A tecnologia de sequenciamento de alto rendimento é cada vez mais usada no estudo da biodiversidade de nematóides. Um estudo recente demonstra que a seleção de diferentes primers e bancos de dados influenciou a anotação dos táxons de nematóides, mas a diversidade da comunidade de nematóides mostrou padrões consistentes entre os diferentes tipos de vegetação.
Os achados do estudo enfatizam que é necessário selecionar primers e bancos de dados adequados de acordo com o nível taxonômico alvo. A descoberta apareceu em Cartas de Ecologia do Solo .

O surgimento do sequenciamento de alto rendimento transformou inteiramente o campo da taxonomia molecular, podendo capturar mais detalhes sobre a biodiversidade. Embora a tecnologia de sequenciamento de alto rendimento esteja em uso há mais de dez anos, a escolha de primers e bancos de dados afetará os resultados do sequenciamento. No entanto, poucos estudos avaliaram de forma abrangente os impactos combinados de diferentes primers e bancos de dados na identificação de comunidades de nematóides.

A Montanha Changbai oferece a maior faixa altitudinal de habitats florestais bem preservados no nordeste da China. Ao longo do gradiente de altitude, condições ambientais variáveis, como temperatura, umidade do solo e pH do solo, resultaram em uma tendência óbvia de biodiversidade. Assim, as diferenças na diversidade e composição das comunidades de nematóides do solo na Montanha Changbai fornecem uma plataforma ideal para verificar a influência de diferentes primers e bancos de dados na anotação do sequenciamento de nematóides.

O estudo comparou dois pares de primers (3NDf/C_1132rmod e NF1F/18Sr2bR) e três bancos de dados (NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota e PR2_v4.5) para investigar as comunidades de nematóides em diferentes tipos de vegetação ao longo do gradiente de altitude da Montanha Changbai.

Para o primer 3NDF, o número de táxons anotados foi diferente entre os três bancos de dados nos níveis de gênero e espécie; enquanto para o primer NF1F, diferenças significativas foram encontradas em nível de família entre os três bancos de dados. Entre os diferentes bancos de dados, diferenças também foram descobertas nos táxons de nematóides.

Quanto mais fino o nível taxonômico, menos táxons foram compartilhados pelas três bases de dados. Os padrões de distribuição da diversidade de nematoides obtidos por diferentes primers e bancos de dados foram semelhantes entre as diferentes vegetações. Portanto, ao escolher cartilhas e bases de dados, devemos atentar mais para o nível de classificação de acordo com nossas reais necessidades. Em termos de efeito de anotação neste estudo, primers 3NDF com banco de dados NT podem fornecer mais informações do que outras combinações em nível de gênero ou espécie.

Este estudo sugere que quando o objetivo principal é a investigação da composição e taxonomia de espécies, o método de sequenciamento ainda sofre de baixa consistência, de modo que a identificação microscópica tradicional ainda é indispensável. Portanto, mais validação e estudos são necessários no futuro para comparar as consistências dos métodos morfológicos e moleculares em profundidade. Além disso, apesar do rápido desenvolvimento das técnicas moleculares, algumas bases de dados ainda possuem informações incompletas. No futuro, devemos complementar mais primers e informações de banco de dados para melhorar ainda mais a precisão da análise molecular na pesquisa ecológica de nematóides. + Explorar mais

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