O rio San Joaquin não flui através de São Francisco.

O rio San Joaquin se origina nas montanhas Sierra Nevada e flui para o oeste pelo vale central da Califórnia. Ele deságua no rio Sacramento, perto da cidade de Stockton, e depois flui pelo delta do rio Sacramento-san de Joaquin antes de chegar à Baía de São Francisco.

Enquanto a água do rio San Joaquin chega à Baía de São Francisco, o próprio rio não flui diretamente pela cidade de São Francisco.