A presença de mitocôndrias Nas células eucarióticas indica fortemente sua evolução das células procarióticas.

Aqui está o porquê:

* Teoria endossimbiótica: A teoria predominante da evolução eucariótica afirma que as mitocôndrias já foram bactérias de vida livre que foram engolidas por uma célula procariótica maior. Com o tempo, uma relação simbiótica se desenvolveu, com as bactérias fornecendo energia (através da respiração celular) e a célula hospedeira que fornece proteção e recursos.
* semelhanças com as bactérias: As mitocôndrias possuem seu próprio DNA (mtDNA), que é circular e similar em estrutura ao DNA bacteriano. Eles também têm seus próprios ribossomos, que são mais semelhantes aos ribossomos bacterianos do que aos encontrados no citoplasma das células eucarióticas.
* Replicação independente: As mitocôndrias podem replicar independentemente da célula hospedeira, apoiando ainda mais a idéia de que antes eram organismos de vida livre.

Enquanto outras organelas como cloroplastos (em células vegetais) também sustentam a teoria endossimbiótica, as mitocôndrias são a principal organela que fornece fortes evidências para a evolução das células eucarióticas das células procarióticas.