Cilia e flagelos são feitos de filamentos de proteínas chamados microtúbulos .

Os microtúbulos são estruturas ocas e cilíndricas que fazem parte do citoesqueleto das células eucarióticas. Eles são formados a partir da polimerização da proteína tubulina .

O arranjo de microtúbulos nos cílios e flagelos é muito específico, criando uma estrutura de 9+2. Essa estrutura é essencial para o seu movimento.