As células ciliadas são encontradas em dois locais primários no corpo:

1. Ouvido interno:
- cóclea: As células ciliadas da cóclea são responsáveis ​​pela audição. Eles estão localizados dentro do órgão de Corti, uma estrutura que percorre o comprimento da cóclea.
- Sistema vestibular : As células ciliadas no sistema vestibular são responsáveis ​​pelo equilíbrio e orientação espacial. Eles estão localizados nos canais semicirculares e no utrículo e na sacule.

2. Sistema de linha lateral (em peixes e alguns anfíbios):
- O sistema de linha lateral é um órgão sensorial que permite que peixes e alguns anfíbios detectem o movimento e as vibrações da água. As células ciliadas na linha lateral estão localizadas em estruturas chamadas neuromastos, que são incorporadas na pele.

É importante observar que, embora ambos os locais sejam chamados de "células ciliadas", a estrutura e a função das células ciliadas no ouvido interno e o sistema de linha lateral são ligeiramente diferentes.