Embora a teoria da endossimbiose seja amplamente aceita, ainda existem várias perguntas intrigantes que os cientistas estão tentando responder:

A origem dos eventos endossimbióticos:

* Como ocorreu o envolvimento inicial dos ancestrais procarióticos de mitocôndrias e cloroplastos? Foi um evento aleatório, um processo controlado ou uma combinação de ambos?
* Quais pressões seletivas impulsionaram a evolução dessas relações endossimbióticas? Que condições tornaram benéfico para a célula hospedeira manter esses procariontes vivos?
* Como ocorreu a transferência de material genético do endossimbionte para o núcleo hospedeiro? Esse processo, conhecido como transferência de genes, ainda não é totalmente compreendido.

A evolução das organelas:

* Quais são os mecanismos específicos da transferência de genes e a subsequente integração de genes no genoma do hospedeiro? Como esses genes foram regulados e expressos no novo contexto celular?
* Como a estrutura e a função das mitocôndrias e cloroplastos evoluíram de seus ancestrais procarióticos? Como eles se adaptaram ao seu novo ambiente e desenvolveram papéis especializados na célula hospedeira?
* Qual é a história evolutiva completa dessas organelas? Houve várias rodadas de endossimbiose ou foram esses únicos eventos importantes?

O papel atual das organelas:

* Como as mitocôndrias e cloroplastos interagem com o núcleo da célula hospedeira e outras organelas? Que vias de sinalização existem entre eles e como eles se regulam?
* Qual é a gama completa de funções de mitocôndrias e cloroplastos? Além da produção de energia, eles provavelmente desempenham papéis críticos em processos celulares, como sinalização, resposta ao estresse e até envelhecimento.

O futuro da endossimbiose:

* Podemos recriar o processo de endossimbiose no laboratório? Isso pode ter implicações para entender a evolução das organelas e possivelmente até para a biologia sintética.
* Podemos projetar novas relações endossimbióticas com diferentes procariontes? Isso pode levar a novas funções celulares e até à criação de novos tipos de organismos.

Essas perguntas destacam a natureza contínua da pesquisa nesse campo e as muitas descobertas emocionantes a serem feitas.