Uma grande diferença entre o domínio eukarya e os domínios bactérias e archaea é a presença de um núcleo .

* células eucarióticas (Domínio eukarya) tem um núcleo verdadeiro fechado dentro de uma membrana, onde seu material genético (DNA) é armazenado.
* células procarióticas (Domínios Bactérias e Archaea) carecem de um núcleo. O DNA deles está localizado em uma região chamada nucleóide , que não é fechado por uma membrana.