As duas estruturas celulares que os protistas têm que as bactérias não são:

1. um núcleo: Os protistas são eucariotos, o que significa que eles têm um núcleo verdadeiro que envolve seu DNA. As bactérias são procariontes e seu DNA está localizado em uma região chamada nucleóide, que não é cercada por uma membrana.
2. organelas: Os protistas têm várias organelas ligadas à membrana, como mitocôndrias, aparelhos de Golgi e retículo endoplasmático. Essas organelas são responsáveis ​​por desempenhar funções específicas dentro da célula. As bactérias não têm essas organelas complexas.

Embora existam algumas exceções (por exemplo, algumas bactérias têm estruturas ligadas à membrana que se assemelham a organelas), em geral, a presença de um núcleo e outras organelas ligadas à membrana estão definindo características que distinguem protistas de bactérias.