Os quatro principais grupos de protozoários são:

1. ciliados: Caracterizado pela presença de cílios, estruturas curtas semelhantes a cabelos que batem ritmicamente por movimento e alimentação. Os exemplos incluem *Paramecium *e *stentor *.

2. flagelados: Possui flagelos, estruturas longas semelhantes a chicotes que os impulsionam pelo ambiente. Alguns flagelados são fotossintéticos, enquanto outros são parasitários. Os exemplos incluem * Trypanosoma * (causa doença do sono africano) e * giardia * (causa giardíase).

3. amebas: Distintos para seus corpos flexíveis e uso de pseudópodes (extensões temporárias de citoplasma) para movimento e engolir alimentos. Os exemplos incluem * Amoeba Proteus * e * entamoeba histolytica * (causa disenteria amebica).

4. esporozoários: Protozoários parasitários não móveis que formam esporos em algum estágio de seu ciclo de vida. Eles geralmente têm ciclos de vida complexos envolvendo vários hosts. Os exemplos incluem * plasmodium * (causa malária) e * toxoplasma gondii * (causa toxoplasmose).