A sequência de anticódon do tRNA deve ser complementar à sequência de códon do mRNA. Isso significa que as bases do anticódon devem ser capazes de formar ligações de hidrogênio com as bases do códon. Por exemplo, o anticódon UAC seria capaz de se ligar ao códon AUG, porque o U no anticódon formaria ligações de hidrogênio com o A no códon, e o C no anticódon formaria ligações de hidrogênio com o G no códon.

Além da sequência do anticódon, a estrutura geral da molécula de tRNA também desempenha um papel na determinação se ela pode ou não se ligar a um mRNA. A molécula de tRNA deve ser capaz de se dobrar em uma forma específica que permita que o anticódon seja exposto e acessível ao mRNA. Esta forma é determinada pelas interações entre as diferentes bases da molécula de tRNA, bem como pelas interações entre a molécula de tRNA e outras proteínas.

Finalmente, a ligação de uma molécula de tRNA a um mRNA também é influenciada pela presença de outras moléculas, como íons de magnésio e GTP. Essas moléculas ajudam a estabilizar a interação entre o tRNA e o mRNA e também ajudam a garantir que a molécula correta de tRNA esteja ligada ao mRNA.