A parte de uma enzima que se liga ao substrato é chamada de sítio ativo. O sítio ativo é uma região específica da enzima responsável por catalisar a reação química que a enzima realiza. O sítio ativo contém resíduos de aminoácidos que interagem com o substrato e facilitam a reação. Esses resíduos de aminoácidos são organizados de maneira específica para criar uma bolsa ou fenda complementar ao substrato. O substrato se liga ao sítio ativo por meio de vários tipos de interações, como ligações de hidrogênio, ligações iônicas, forças de van der Waals e interações hidrofóbicas. A ligação do substrato ao sítio ativo induz mudanças conformacionais na enzima, que aproximam os grupos catalíticos da enzima do substrato. Isto permite que a enzima catalise a reação química e converta o substrato em produtos.