As bactérias se reproduzem por meio de um processo denominado fissão binária, no qual uma única célula se divide em duas células-filhas idênticas. A fissão binária é uma forma de reprodução assexuada, o que significa que não envolve a fusão de gametas (células sexuais).

O processo de fissão binária começa com a replicação do cromossomo bacteriano. Os cromossomos replicados são então ligados à membrana celular. A membrana celular então se comprime no meio, dividindo a célula em duas células-filhas. Cada célula filha recebe um dos cromossomos replicados.

A fissão binária é uma forma muito eficiente de reprodução de bactérias. Isto permite-lhes aumentar rapidamente o seu número, mesmo em ambientes adversos. Algumas bactérias podem se reproduzir por fissão binária a cada 20 minutos ou mais.

Além da fissão binária, algumas bactérias também podem se reproduzir por meio de um processo denominado esporulação. A esporulação ocorre quando uma bactéria produz um esporo, que é uma célula dormente que pode sobreviver a condições adversas. Quando as condições melhoram, o esporo pode germinar e transformar-se numa nova bactéria.