A publicação da sequência do genoma do barril médico (Medicago truncatula) abre caminho para análises genômicas comparativas abordando a diversificação evolutiva dos componentes principais da endossimbiose das raízes das plantas. Nossas análises filogenéticas e de evolução familiar genética sugerem o surgimento independente de genes essenciais para o estabelecimento da simbiose rizóbio-leguminosa a partir de funções ancestrais. A maioria desses genes "inovadores" tem homólogos na dicotiledônea não leguminosa Arabidopsis thaliana e podem, portanto, representar adaptações evolutivas em vez de novidades estritamente limitadas à associação Rhizobiales-leguminosas. Por outro lado, membros de uma família de genes de simbiose essencial foram identificados exclusivamente em eudicotiledôneas e leguminosas centrais envolvidas em interações rizóbias, apontando para sua coevolução dentro dessas linhagens. Nossas análises revelam o papel de um "kit de ferramentas" genômico contendo componentes genéticos recém-recrutados e de longa data da endossimbiose vegetal, que lança nova luz sobre as bases evolutivas e genéticas da adaptação das leguminosas às condições da rizosfera.