O emaranhamento em artes de pesca, especialmente redes de emalhar e redes de arrasto, é a principal causa de morte de baleias francas na Argentina. As baleias francas movem-se lentamente e muitas vezes chegam perto da costa, tornando-as vulneráveis ​​ao emaranhamento. Além disso, as barbatanas das baleias francas, que utilizam para filtrar os alimentos da água, podem ficar presas nas artes de pesca, causando ferimentos e morte.

Outras ameaças às baleias francas na Argentina incluem colisões com navios, poluição sonora e degradação do habitat. As colisões de navios são uma preocupação particular em áreas onde se sabe que as baleias francas migram e se alimentam, como o Golfo San Matias e a Península Valdés. A poluição sonora proveniente do transporte marítimo, da exploração de petróleo e gás e de outras atividades humanas também pode perturbar a comunicação e o comportamento das baleias francas. A degradação do habitat, como a perda de florestas de algas e outras áreas de alimentação importantes, também pode reduzir a disponibilidade de alimentos e abrigo para as baleias francas.