Depende de como você define "maior".

* habitat é o ambiente natural onde vive um organismo. Ele abrange todos os fatores físicos e biológicos que influenciam a sobrevivência do organismo.
* Território é uma área definida que um animal defende de outros animais da mesma espécie. Geralmente é menor que o habitat e é usado para reprodução, alimentação ou criação de jovens.

em termos de tamanho:

* habitat pode ser muito maior que um território. Um único habitat pode abranger muitos territórios.
* Território é uma área específica dentro de um habitat maior.

Exemplo:

* Habitat: Uma floresta
* Território: Uma área específica dentro da floresta que uma família de esquilos defende.

Então, se você está falando sobre a área física , A habitat geralmente é maior. No entanto, se você está falando sobre a área um animal controla ativamente , um território é o termo relevante.