Há cerca de 5.000 a 6.000 anos, toda a região do Norte de África, incluindo a grande maioria do deserto do Saara, era coberta por lagos e vegetação florescentes, com um ecossistema complexo que apresentava uma fauna diversificada, incluindo vários herbívoros, predadores e até primatas. O que aconteceu a seguir pode ser a catástrofe ambiental mais significativa da história da Terra, cuja causa continua a ser calorosamente debatida entre os cientistas da terra.

À medida que a Terra avançava lentamente para a era Holocena da sua existência, uma série de factores convergiram para causar um período de seca prolongado e catastrófico no Norte de África.
- A lenta mudança no eixo e na rotação da Terra fez com que a região do Norte de África saísse da zona húmida em torno do equador, o que resultou numa redução das monções que trouxeram tanta chuva para o Norte de África nos milhares de anos anteriores.

- A Terra tinha acabado de passar por uma Idade do Gelo, que envolveu o eixo da Terra numa inclinação extrema, tornando as estações mais pronunciadas. Com o tempo, a inclinação corrigiu-se gradualmente, levando a estações chuvosas e secas menos pronunciadas.

- A Terra também entrou num período conhecido como Seca do Holoceno Médio, entre 5.000 e 8.000 anos atrás. Isto coincidiu com a saída da região do Saara da zona equatorial húmida, agravando as condições para uma seca prolongada.

- A habitação humana na região contribuiu para a perda da cobertura vegetal, com grandes áreas desmatadas para agricultura e agricultura, diminuindo ainda mais a capacidade da região de captar e reter água.

Todos esses fatores se combinaram para eventualmente transformar uma extensão de terra outrora fértil e verde no maior deserto quente do mundo.