Quando as explorações piscícolas são construídas ao longo da costa, os resíduos podem ir para as águas circundantes. Isso pode incluir alimentos não consumidos, fezes e outras matérias orgânicas. Isto pode poluir a água e prejudicar o ambiente, incluindo danificar recifes de coral e matar peixes.

Para reduzir a poluição proveniente das explorações piscícolas, podem ser tomadas uma série de medidas, incluindo:

- Utilizando um sistema de contenção fechado, que evita que os resíduos escapem para o meio ambiente
- Utilização de filtros e outros sistemas de tratamento para remover resíduos da água
- Limpeza regular da piscicultura e remoção de resíduos
- Utilizar alimentos especificamente concebidos para serem facilmente digeridos e produzirem menos resíduos