Os pesquisadores do HITS desenvolveram o tauRAMD, uma ferramenta para prever os tempos de residência do alvo do medicamento a partir de simulações curtas. O método é ilustrado na capa da edição de julho de 2018 do Journal of Chemical Theory and Computation, o software está disponível gratuitamente.

O desenho de um medicamento com uma duração de ação desejada, seja longo ou curto, geralmente é um processo complicado e caro de tentativa e erro guiado apenas por uma mistura de intuição especializada e acaso. Um dos parâmetros que afetam a eficácia do medicamento é a vida útil do complexo formado entre um medicamento e sua proteína-alvo, cuja função deve ser alterada, por exemplo. inibido. Na prática, muitos compostos químicos possíveis têm de ser sintetizados e depois testados para descobrir um candidato a medicamento adequado.

Método fácil e alto desempenho

Como parte do projeto Kinetics for Drug Discovery (K4DD) apoiado pela Empresa Comum EU / EFPIA Innovative Medicines Initiative, pesquisadores do grupo Molecular and Cellular Modeling (MCM) no Instituto Heidelberg de Estudos Teóricos (HITS) desenvolveram um método computacionalmente eficiente e fácil de usar para prever o tempo de vida relativo de complexos de uma proteína-alvo com diferentes candidatos a drogas. Os cientistas demonstraram o alto desempenho preditivo da abordagem computacional usando dados experimentais medidos por colaboradores da Merck KGaA (Darmstadt), Sanofi-Aventis Deutschland (Frankfurt am Main), e Sanofi R&D (Vitry-sur-Seine, França).

O método, chamado tauRAMD (tempo de residência, tau, estimativa usando simulações de Dinâmica Molecular de Aceleração Aleatória) foi desenvolvida para facilidade de uso e torna possível calcular longos tempos de residência com simulações curtas. Foi aplicado com sucesso a diversos conjuntos de compostos que se ligam a uma variedade de proteínas alvo terapeuticamente importantes. O software está disponível gratuitamente em www.h-its.org/downloads/ramd/.