No século XIX, a taxonomia – a classificação dos organismos vivos – era um foco central da biologia. Enquanto os naturalistas estavam ocupados catalogando besouros e outras espécies macroscópicas, os microrganismos eram amplamente ignorados. Desde então, os avanços na microscopia, na biologia molecular e na genómica expandiram dramaticamente a nossa compreensão da vida microbiana e refinaram as formas como a classificamos.

Componentes da Taxonomia

A taxonomia moderna baseia-se em três pilares principais:

• Nomenclatura – atribuir um nome único e padronizado a cada organismo.
• Classificação – agrupar organismos em categorias hierárquicas com base em características compartilhadas, que podem ser morfológicas, bioquímicas ou genéticas.
• Identificação – determinar onde uma determinada amostra se enquadra na árvore de classificação usando recursos de diagnóstico.

A hierarquia taxonômica varia desde a classificação mais ampla, o domínio , até o mais específico, as espécies . A sequência é:domínio, reino, filo, classe, ordem, família, gênero, espécie. Por exemplo, a linhagem humana é Eukarya> Animalia> Chordata> Mammalia> Primates> Hominidae> Homo> sapiens.

Microorganismos e Domínios

Os microrganismos são definidos pelo seu pequeno tamanho e não por qualquer estrutura ou função específica. Eles abrangem todos os três domínios da vida:Bactérias, Archaea e Eukarya. Tanto Bacteria quanto Archaea compreendem exclusivamente organismos procarióticos unicelulares sem membrana nuclear. Conseqüentemente, todo reino, filo, classe, ordem, família, gênero e espécie dentro desses domínios é um microrganismo.

Protistas Unicelulares

Dentro do domínio Eukarya, o reino Protista é reservado para organismos unicelulares que possuem um núcleo verdadeiro. Os protistas são agrupados em três filos principais:algas (quatro filos), protozoários (quatro filos) e bolores (dois filos). Cada protista é um eucarioto microscópico, embora muitos eucariontes – como árvores e humanos – sejam multicelulares e não sejam considerados protistas.

Fungos microscópicos

O reino Fungi, também dentro dos Eukarya, inclui vários filos microbianos. Por exemplo, Zygomycota contém bolores microscópicos de pão, enquanto Ascomycota inclui leveduras, patógenos de plantas e parasitas. Os líquenes ilustram as relações complexas que podem surgir, pois são conjuntos simbióticos de um fungo e um parceiro fotossintético – muitas vezes abrangendo vários reinos ou mesmo domínios.