A maior desvantagem de produzir ATP por fermentação é que ele é ineficiente . Aqui está o porquê:

* Baixo rendimento de ATP: A fermentação produz uma quantidade muito pequena de ATP em comparação com a respiração aeróbica. Enquanto a respiração aeróbica produz cerca de 36-38 moléculas de ATP por molécula de glicose, a fermentação produz apenas 2 moléculas de ATP .
* Decomposição incompleta da glicose: A fermentação decompõe apenas parcialmente a glicose, deixando muita energia potencial inexplorada. Isto significa que grande parte da energia armazenada na glicose não é utilizada para a produção de ATP.
* Produção de Resíduos: A fermentação produz resíduos como ácido láctico (em animais) ou etanol (em leveduras). Esses subprodutos podem ser prejudiciais em altas concentrações e podem até contribuir para a fadiga muscular no caso de acúmulo de ácido láctico.

No geral, a fermentação é uma forma menos eficiente de gerar energia em comparação com a respiração aeróbica. É um sistema de “reserva” que permite aos organismos sobreviver na ausência de oxigênio.