As duas principais classificações de procariontes são:

* Bactérias: Estes são organismos unicelulares que não possuem núcleo e outras organelas ligadas à membrana. Eles têm uma ampla gama de capacidades metabólicas e podem ser encontrados em quase todos os ambientes da Terra.
* Arqueia: Estes são organismos unicelulares que foram originalmente considerados bactérias, mas agora são conhecidos por serem distintos. Eles são frequentemente encontrados em ambientes extremos, como fontes termais, lagos salgados e fontes de águas profundas.

Embora bactérias e arqueas sejam procariontes, elas apresentam várias diferenças importantes:

* Composição da parede celular: As bactérias possuem peptidoglicano em suas paredes celulares, enquanto as archaea não.
* Estrutura lipídica da membrana: As bactérias possuem ácidos graxos em suas membranas celulares, enquanto as archaea possuem isoprenóides.
* Expressão genética: A maquinaria utilizada para expressão genética (transcrição e tradução) em archaea é mais semelhante aos eucariontes do que às bactérias.
* Diversidade metabólica: Archaea possui vias metabólicas únicas, incluindo metanogênese e a capacidade de usar enxofre como fonte de energia.

Essas distinções destacam a vasta diversidade evolutiva no mundo procariótico.