Aqui estão duas limitações do conceito de espécie biológica:

1. incapacidade de se aplicar a organismos assexuais: O conceito de espécie biológica define uma espécie como um grupo de organismos que podem cruzar e produzir filhos férteis. Organismos assexuais, como bactérias e algumas plantas, se reproduzem sem acasalar, para que esse conceito não se aplique a elas. A determinação dos limites das espécies nesses organismos requer outros métodos, como análise genética.

2. Dificuldades na aplicação em espécies hibridizantes: Algumas espécies podem cruzar e produzir filhotes férteis, mesmo sendo considerados espécies distintas. Isso é comum em plantas e também ocorre em alguns animais. Por exemplo, o lobo cinza e o coiote podem se cruzar, tornando um desafio aplicar o conceito de espécie biológica nesses casos. Essa ambiguidade pode levar a desacordo sobre onde uma espécie termina e outra começa.