Existem várias razões pelas quais duas análises dos mesmos táxons podem chegar a diferentes topologias de árvores:

1. Dados utilizados:

* diferentes tipos de dados: Análises usando diferentes tipos de dados (por exemplo, morfologia vs. sequências de DNA) podem levar a diferentes topologias de árvores, porque diferentes caracteres fornecem diferentes sinais filogenéticos.
* Diferentes subconjuntos de dados: Mesmo que o mesmo tipo de dados seja usado, analisar diferentes subconjuntos de caracteres (por exemplo, usar apenas genes codificadores de proteínas em vez de todos os genes) pode levar a resultados diferentes.
* Qualidade de dados diferente: Os erros nos dados (por exemplo, identificação incorreta de táxons, erros de seqüenciamento) podem influenciar os resultados.

2. Métodos analíticos:

* Métodos filogenéticos diferentes: Diferentes métodos fazem suposições diferentes sobre como ocorre a evolução do personagem. Por exemplo, parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana usam critérios de otimização diferentes e podem levar a diferentes topologias de árvores.
* Parâmetros de modelo diferentes: Mesmo dentro do mesmo método, diferentes parâmetros do modelo (por exemplo, taxas evolutivas, modelos de substituição) podem afetar os resultados.
* Algoritmos de pesquisa diferentes: Os algoritmos específicos usados para procurar a melhor árvore podem impactar os resultados. Alguns algoritmos podem ter maior probabilidade de encontrar o Optima local e não o ótimo global.

3. Fatores biológicos:

* transferência horizontal de genes: Em alguns casos, os genes podem ser transferidos horizontalmente entre espécies não relacionadas. Isso pode dificultar inferir uma árvore única e precisa.
* classificação de linhagem incompleta: Quando espécies intimamente relacionadas divergem rapidamente, alguns polimorfismos ancestrais podem ser retidos em diferentes linhagens, levando a sinais filogenéticos enganosos.
* Evolução convergente: Traços semelhantes podem evoluir independentemente em diferentes linhagens devido a pressões ambientais semelhantes, dificultando a distinção da homologia da homoplasia.

4. Estocasticidade:

* A inferência filogenética é probabilística: Mesmo com os mesmos dados e método, sempre há algum grau de incerteza nas relações inferidas, especialmente com dados limitados. Essa estocástica inerente pode levar a diferentes topologias de árvores.

em resumo:

Diferentes topologias de árvores podem resultar de uma interação complexa de fatores relacionados aos dados, métodos analíticos, processos biológicos e estocasticidade inerente. É importante considerar todos esses fatores ao interpretar resultados filogenéticos e estar ciente das limitações de qualquer análise única.