Enterobacter Aerogenes é uma bactéria Gram-negativa com uma morfologia em forma de haste . Isso significa que ele possui uma parede celular que não retém a mancha violeta de cristal usada na coloração de Gram, e suas células aparecem como hastes cilíndricas curtas sob um microscópio.

Embora seu arranjo celular não seja uma característica definidora, enterobacter aerogenes normalmente ocorre em pares ou cadeias curtas . Esse arranjo não é tão firmemente agrupado quanto um arranjo "coccus" (bactérias esféricas em aglomerados) ou tão estendida quanto um arranjo "filamentoso" (estruturas longas e em forma de cadeia).

É importante observar que o arranjo específico pode variar dependendo das condições de crescimento e do estágio do ciclo de vida bacteriano.