As bactérias são classificadas em um único reino, bactérias .

Enquanto eles foram agrupados anteriormente com outros organismos unicelulares no reino monera , essa classificação não é mais amplamente aceita.

O sistema de classificação atual coloca bactérias e archaea (outro grupo de organismos unicelulares) em domínios separados, refletindo suas histórias evolutivas distintas e estruturas celulares.