Cilia e flagelos compartilham vários recursos estruturais:

* 9 + 2 arranjo de microtúbulos: Ambas as estruturas têm um núcleo de microtúbulos dispostos em um padrão específico. Existem nove pares de microtúbulos dispostos em um anel em torno de um par central. Esse arranjo é chamado de estrutura "9 + 2".
* Corpo basal: Cilia e flagelos se originam de um corpo basal, que é uma estrutura que os ancora na célula. O corpo basal também é estruturalmente semelhante a um centríolo.
* Dynein Arms: Esses motores moleculares são ligados aos microtúbulos e usam ATP para gerar a força para o movimento.
* membrana plasmática: Ambas as estruturas são cobertas por uma membrana plasmática, que é uma continuação da membrana plasmática da célula.

Esses recursos compartilhados indicam uma origem e mecanismo evolutiva comum de movimento.