Os organismos no domínio Eukarya são distintos daqueles em Archaea de várias maneiras importantes:

1. Estrutura celular:

* Eukarya: Tem núcleos verdadeiros Incluído dentro de uma membrana, bem como outras organelas ligadas à membrana, como mitocôndrias, aparelhos de Golgi, retículo endoplasmático, etc. Suas células são geralmente maiores e mais complexas que as da Archaea.
* Archaea: Falta um núcleo verdadeiro e outras organelas ligadas à membrana. Seu material genético está localizado em uma região chamada nucleóide, que não é fechada por uma membrana.

2. Composição da parede celular:

* Eukarya: Tenha diversas composições de parede celular, dependendo do organismo. As plantas têm paredes celulares feitas de celulose, fungos têm quitina e alguns protistas têm outros polissacarídeos ou sílica. As células animais não possuem uma parede celular.
* Archaea: Tenha composições exclusivas da parede celular que geralmente incluem pseudopeptidoglicano ou outras proteínas, mas não peptidoglicano como bactérias.

3. Estrutura ribossômica:

* Eukarya: Têm ribossomos maiores (80s) do que as archaea.
* Archaea: Têm ribossomos (70s) que são semelhantes em tamanho às bactérias, mas suas proteínas ribossômicas e RNA são mais semelhantes aos eucariotos.

4. Replicação e transcrição de DNA:

* Eukarya: Tenha processos mais complexos de replicação e transcrição de DNA com várias polimerases de RNA e extensa modificação pós-transcricional.
* Archaea: Tenha processos de replicação e transcrição de DNA mais semelhantes aos dos eucariotos, mas mais simples. Eles também têm fatores de transcrição únicos e outras proteínas.

5. Metabolismo:

* Eukarya: Exibe uma ampla gama de diversidade metabólica, incluindo fotossíntese, respiração e fermentação.
* Archaea: Frequentemente, possui vias metabólicas únicas, incluindo a capacidade de prosperar em ambientes extremos, como fontes termais, lagos de sal e condições anaeróbicas.

6. Organização genética:

* Eukarya: Normalmente, têm cromossomos lineares com múltiplas origens de replicação.
* Archaea: Geralmente têm cromossomos circulares e podem ter várias origens de replicação.

7. Evolução:

* Eukarya: Acredita -se que tenha evoluído de um ancestral comum com archaea, mas também incorporando material genético a partir de bactérias via endossimbiose.
* Archaea: Considerados mais intimamente relacionados aos eucariotos do que as bactérias, embora representem uma linhagem separada e antiga.

Em resumo, Eukarya é caracterizado por sua complexa estrutura celular, diversas composições de parede celular, estrutura ribossômica única, replicação e transcrição elaboradas de DNA, vias metabólicas diversas e organização genética. Archaea é distinto com a falta de um verdadeiro núcleo e organelas ligadas à membrana, composições exclusivas da parede celular e diferentes capacidades metabólicas adaptadas a ambientes extremos.