Aqui estão algumas amostras de proteínas, o que significa coisas que não são feitas de proteína ou não têm uma função de proteína:

compostos inorgânicos:

* água (h₂o)
* sal (NaCl)
* minerais (ferro, cálcio, magnésio)
* diamantes (carbono)

compostos orgânicos (não proteínas):

* carboidratos (açúcares, amidos, celulose)
* lipídios (gorduras, óleos, ceras)
* ácidos nucleicos (DNA, RNA)
* vitaminas (vitamina C, vitamina D)
* hormônios (estrogênio, testosterona)
* pigmentos (clorofila, melanina)

Outros:

* metais (ferro, alumínio, ouro)
* plásticos (polietileno, PVC)
* vidro (dióxido de silício)
* madeira (celulose e lignina)
* ar (nitrogênio, oxigênio, dióxido de carbono)

Nota importante: Muitas coisas que não são proteínas podem conter proteínas como componentes, mas a principal estrutura ou função dessas coisas não é baseada em proteínas. Por exemplo, uma membrana celular contém proteínas, mas é composta principalmente por lipídios.