Linnaeus, o pai da taxonomia, viveu na década de 1700. Ele desenvolveu seu sistema de classificação com base nos organismos que podia ver e estudar com a tecnologia de seu tempo. Eis por que ele não incluiu Archaea e Bactérias:

* Natureza microscópica: Archaea e bactérias são organismos unicelulares, invisíveis a olho nu. Os microscópios não foram avançados o suficiente no tempo de Linnaeus para observar e diferenciar essas pequenas formas de vida.
* semelhanças: Bactérias e archaea compartilham algumas semelhanças superficiais em sua morfologia (forma e estrutura). Linnaeus agrupou todos os organismos unicelulares que ele observou sob o reino "AnimalCule" (mais tarde renomeado "monera").
* Compreensão limitada da bioquímica: As diferenças fundamentais entre os Archaea e as bactérias, particularmente sua bioquímica e genética, não foram descobertas até muito mais tarde. Os caminhos evolutivos distintos e as características bioquímicas únicas de Archaea não eram conhecidas por Linnaeus.

em resumo: O sistema de Linnaeus foi baseado no mundo macroscópico que ele podia observar diretamente. A descoberta e a compreensão de microorganismos como Archaea e bactérias só foram possíveis com o desenvolvimento de microscópios avançados e técnicas bioquímicas, muito após o tempo de Linnaeus.