O domínio Archaea é amplamente dividido em cinco filos principais, embora a classificação exata ainda esteja sendo refinada:

1. Euryarchaeota:
- Este é o filo mais diversificado e bem estudado. Inclui uma variedade de extremófilos, como:
- metanogênios: Produzir gás metano como subproduto de seu metabolismo e é encontrado em ambientes anaeróbicos, como pântanos e intestino dos animais.
- halophiles: Prospere em ambientes extremamente salgados, como lagos salgados e salas de sal.
- termoplasmatales: Viver em ambientes muito ácidos ou quentes.
- Thermococci: Altamente tolerante ao calor e geralmente são encontrados em aberturas hidrotérmicas.

2. Crenarchaeota:
- Este filo consiste principalmente em arqueéias termofílicas e hipertermofílicas, frequentemente encontradas em fontes termais e ambientes vulcânicos.
- Muitos crenarchaeota também são acidosfílicos (amante de ácido).
- Eles são importantes para a ciclagem de nitrogênio no ambiente.

3. Thaumarchaeota:
- Este filo consiste em archaea oxidante de amônia, desempenhando um papel crucial no ciclo de nitrogênio.
- Eles são encontrados em diversos ambientes, incluindo oceanos, solos e fontes termais.

4. Nanoarchaeota:
- Este filo inclui arqueias extremamente pequenas que são parasitárias em outras archaea.
- Eles foram os primeiros parasitas archaeais conhecidos.

5. Lokiarchaeota:
- Esse filo foi descoberto relativamente recentemente e é de particular interesse porque compartilha muitos genes com eucariotos.
- Isso apóia a hipótese de que eucariotos pode ter evoluído dos ancestrais archaeais.

Outros filos importantes:

- Korarchaeota: Estes são arqueia termofílico e anaeróbico que são frequentemente encontrados em ambientes geotérmicos.
- aigarchaeota: Esse filo também é termofílico e é encontrado em diversos ambientes, incluindo fontes termais e aberturas hidrotérmicas.
- Bathyarchaeota: Esse filo é relativamente novo e consiste em arqueias anaeróbicas que são encontradas em sedimentos do mar profundo.

É importante observar que a classificação da Archaea está constantemente evoluindo à medida que novas espécies são descobertas e nossa compreensão de seus relacionamentos evolutivos aumenta.