A porcentagem de agarose em um gel determina seu tamanho poro . Esse tamanho de poro influencia diretamente como os fragmentos de DNA são separados por eletroforese. Eis por que um cientista pode escolher uma porcentagem maior ou menor:

porcentagem de agarose mais alta (por exemplo, 1-2%):

* tamanho menor de poro: Isso permite uma melhor separação de fragmentos de DNA menores . O gel age como uma peneira, prendendo fragmentos menores por mais tempo, fazendo com que eles migrassem mais lentamente.
* usado para:
* Analisando fragmentos de DNA inferiores a 1000 pares de bases (BP)
* Separação de alta resolução de pequenos fragmentos
* Análise de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP)

Porcentagem de agarose mais baixa (por exemplo, 0,5-0,8%):

* Tamanho maior de poros: Isso permite uma migração mais rápida de fragmentos de DNA maiores .
* usado para:
* Separando fragmentos de DNA maiores (mais de 1000 pb)
* Analisando o DNA genômico
* Eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) para moléculas de DNA muito grandes

Considerações importantes:

* Tamanho do fragmento: O tamanho dos fragmentos de DNA que você está tentando se separar é o principal fator na determinação da porcentagem de gel.
* Resolução: Os géis percentuais mais altos fornecem uma resolução mais alta para separar pequenos fragmentos, enquanto os géis porcentagem mais baixa são melhores para separar fragmentos grandes.
* Tempo de migração: Os géis percentuais mais altos diminuem a migração, exigindo tempos de execução mais longos. Géis de porcentagem mais baixa permitem migração mais rápida.

Exemplo:

Se você estiver analisando os produtos de um resumo da enzima de restrição contendo fragmentos que variam de 500 a 1000 pb, você provavelmente escolheria um gel de agarose a 1%. Se você estivesse analisando o DNA genômico com fragmentos variando de 50.000 a 100.000 pb, um gel de agarose a 0,7% seria mais apropriado.