No contexto das enzimas de restrição, um palíndromo é uma sequência de nucleotídeos que lê a mesma coisa para frente e para trás em ambas as fitas de DNA. Estas sequências palindrómicas servem como locais de reconhecimento para enzimas de restrição específicas, que são proteínas que clivam a estrutura do ADN nas suas sequências alvo ou perto delas.

Cada enzima de restrição reconhece e corta uma sequência palindrômica específica. Por exemplo, a enzima de restrição comumente utilizada EcoRI liga-se e cliva a sequência palindrômica 5'-GAATTC-3'. As duas fitas de DNA terão as seguintes sequências complementares no sítio EcoRI:

Fio superior:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'
Fio inferior:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

O palíndromo fica evidente nas sequências complementares. Quando o DNA é clivado por EcoRI, as duas extremidades coesivas resultantes também serão palindrômicas, permitindo fácil ligação a outros fragmentos de restrição com saliências compatíveis.

Além disso, algumas enzimas de restrição clivam a cadeia de DNA dentro da sequência de reconhecimento, enquanto outras cortam alguns nucleotídeos do local. Esta propriedade leva a extremidades rombas ou coesivas (também conhecidas como "extremidades pegajosas") após a digestão, respectivamente. Compreender o reconhecimento do palíndromo e o padrão de clivagem das enzimas de restrição é crucial para a manipulação e análise do DNA em engenharia genética e aplicações biotecnológicas.