1. Ingestão: Os protistas que ingerem alimentos engolem suas presas inteiras, usando vacúolos alimentares temporários para digeri-las. Este método é usado por amebas, paramécios e outros ciliados.
2. Osmose: Os protistas que absorvem os alimentos por osmose absorvem os nutrientes dissolvidos através das membranas celulares. Este método é utilizado por algumas espécies de flagelados e dinoflagelados.
3. Pinocitose: A pinocitose é um processo no qual os protistas absorvem fluidos e solutos formando pequenas bolsas em suas membranas celulares. Este método é utilizado por algumas espécies de amebas e ciliados.