As proteínas se ligam ao DNA oculto por uma variedade de mecanismos, incluindo:

1. Dobragem do DNA: As proteínas podem induzir curvas na dupla hélice do DNA, o que pode expor sequências ocultas de DNA. Isto pode ser conseguido por proteínas que se ligam a sequências específicas de ADN e induzem uma alteração conformacional na estrutura do ADN, ou por proteínas que se ligam à estrutura do ADN e induzem uma curvatura no ADN sem especificidade de sequência.

2. Loop de DNA: As proteínas podem aproximar sequências de DNA distantes, fazendo um loop no DNA. Isto pode ser conseguido por proteínas que se ligam a duas sequências de DNA diferentes e as unem, ou por proteínas que se ligam a uma única sequência de DNA e induzem uma alça no DNA.

3. Derretimento de DNA: As proteínas podem derreter a dupla hélice do DNA, o que pode expor sequências ocultas de DNA. Isto pode ser conseguido por proteínas que se ligam a sequências específicas de ADN e rompem as ligações de hidrogénio entre os pares de bases do ADN, ou por proteínas que se ligam à estrutura do ADN e induzem uma mudança conformacional na estrutura do ADN que leva à fusão.

4. Desenrolamento do DNA: As proteínas podem desenrolar a dupla hélice do DNA, o que pode expor sequências ocultas de DNA. Isto pode ser conseguido por proteínas que se ligam a sequências específicas de DNA e desenrolam o DNA de uma maneira específica para a sequência, ou por proteínas que se ligam à estrutura do DNA e induzem uma mudança conformacional na estrutura do DNA que leva ao desenrolamento.

5. Outros mecanismos: Além desses mecanismos, as proteínas também podem se ligar a sequências ocultas de DNA por outros mecanismos, como intercalando-se entre pares de bases de DNA, ligando-se a modificações do DNA ou interagindo com outras proteínas que estão ligadas ao DNA.

O mecanismo específico pelo qual uma proteína se liga ao DNA oculto depende da estrutura e função da proteína, bem como da sequência e estrutura do DNA.