A teoria original da evolução pela seleção natural, como proposta por Charles Darwin, não inclui os seguintes princípios:

* herança genética: Darwin não entendeu o mecanismo de herança. Ele sabia que as características eram passadas dos pais para os filhos, mas não sabia como. Mais tarde, isso foi explicado pelo trabalho de Gregor Mendel sobre genética.
* DNA como transportador de informações genéticas: Darwin não tinha conhecimento da existência do DNA. A descoberta do DNA como a molécula responsável por transportar informações genéticas ocorreu muito mais tarde.
* Mutações como fonte de variação: Darwin reconheceu que existiam variações nas populações, mas não entendeu como essas variações surgiram. As mutações, que são alterações na sequência de DNA, agora são entendidas como a principal fonte de novas variações.
* Equilíbrio pontuado: Essa teoria, proposta por Stephen Jay Gould e Niles Eldredge, sugere que a evolução ocorre em rajadas de rápidas mudanças intercaladas com longos períodos de estabilidade. A teoria de Darwin, por outro lado, enfatizou mudanças graduais ao longo do tempo.

É importante lembrar que a teoria de Darwin foi baseada no conhecimento disponível em seu tempo. À medida que a ciência progrediu, nossa compreensão da evolução se tornou mais sofisticada, incorporando novos princípios e expandindo as idéias originais de Darwin.