Falta de vontade política: O governo indonésio não demonstrou um forte compromisso com a conservação. As áreas de conservação são frequentemente subfinanciadas e com falta de pessoal, e há falta de vontade política para fazer cumprir as leis ambientais.

Corrupção: A corrupção é um grande problema na Indonésia e prejudica os esforços de conservação. Por exemplo, as empresas madeireiras muitas vezes subornam funcionários do governo para que façam vista grossa enquanto extraem ilegalmente áreas de conservação.

Crescimento populacional: A população da Indonésia está a crescer rapidamente, o que está a exercer pressão sobre os recursos naturais. À medida que mais e mais pessoas se deslocam para zonas rurais, desmatam florestas para a agricultura e o desenvolvimento, o que pode danificar habitats críticos.

Atividades ilegais: As actividades ilegais, como a exploração madeireira, a caça furtiva e a mineração, são uma grande ameaça às áreas de conservação. Estas atividades são frequentemente realizadas por pessoas desesperadas por dinheiro e podem causar danos significativos ao ambiente.

Falta de envolvimento da comunidade: Os esforços de conservação muitas vezes não são bem-sucedidos se não envolverem as comunidades locais. Quando as comunidades locais não estão envolvidas no planeamento e gestão das áreas de conservação, é menos provável que as apoiem.

Mudanças climáticas: As alterações climáticas também representam uma ameaça para as áreas de conservação. A subida do nível do mar está a inundar os habitats costeiros e as mudanças nos padrões climáticos estão a perturbar os ecossistemas. As alterações climáticas também estão a tornar mais difícil a adaptação das espécies ao seu ambiente em mudança.

Estes são apenas alguns dos desafios que as áreas de conservação enfrentam na Indonésia. Apesar destes desafios, a conservação é essencial para proteger o património natural da Indonésia e garantir a sustentabilidade a longo prazo dos seus recursos.