O nome da ilha é derivado do pinheiro das Bahamas (Pinus caribaea var. bahamensis), que já foi uma espécie comum na ilha. No entanto, a população de pinheiros na ilha foi devastada por vários furacões, incluindo o furacão Donna em 1960 e o furacão Andrew em 1992. Como resultado, a ilha é agora o lar de principalmente tocos de pinheiro, e os poucos pinheiros restantes são frequentemente atrofiados ou doente.

Apesar da perda das árvores homônimas, a ilha ainda mantém o nome, Big Pine Key. Isto deve-se provavelmente ao facto de a ilha ainda ser conhecida pela sua história de exploração madeireira de pinheiro e pela sua associação à indústria do pinheiro, embora os pinheiros já não sejam uma presença importante na ilha.